内部控制关系到企业财产物资的安全完整、关系到会计系统对企业经济活动反映的正确性和可靠性。企业为实现既定的管理目标，必需建立起了一整套内部控制制度，以保证企业有序、健康地发展。企业在建立了电算化会计系统后，企业会计核算和会计管理的环境发生了很大的变化。由于使用了计算机，会计数据处理的速度加快了，会计核算的准确性和可靠性得到了极大的提高，减少了因疏忽大意及计算失误造成的差错。
但是，也为企业的内部控制带来了许多前所未有的新问题，对企业内部控制制度造成了极大的冲击，使企业内部控制制度在新的环境下显得落后于形势了，由于电算化会计系统的特殊性，建立一整套适合电算化会计系统的内部控制制度就显得尤为重要。
电算化会计系统对内部控制的特殊要求主要体现在以下几方面：
1.计算机的使用改变了企业会计核算的环境
企业使用计算机处理会计和财务数据后，企业的会计核算的环境发生了很大的变化，会计部门的组成人员从原来由财务、会计专业人员组成，转变为由财务、会计专业人员和计算机数据处理系统的管理人员及计算机专家组成。会计部门不仅利用计算机完成基本的会计业务，还能利用计算机完成各种原先没有的或由其他部门完成的更为复杂的业务活动，如销售预测、人力资源规划等。
随着远程通讯技术的发展，会计信息的网上实时处理成为可能，业务事项可以在远离企业的某个终端机上瞬间完成数据处理工作，原先应由会计人员处理的有关业务事项，现在可能由其他业务人员在终端机上一次完成；原先应由几个部门按预定的步骤完成的业务事项，现在可能集中在一个部门甚至一个人完成。因此，要保证企业财产物资的安全完整、保证会计系统对企业经济活动反映的正确和可靠、达到企业管理的目标，企业内部控制制度的建立和完善就显得更为重要，内部控制制度的范围和控制程序较之手工会计系统更加广泛，更加复杂。
2.电算化会计系统改变了会计凭证的形式
在电算化会计系统中，会计和财务的业务处理方法和处理程序发生了很大的变化，各类会计凭证和报表的生成方式、会计信息的储存方式和储存媒介也发生了很大的变化。原先反映会计和财务处理过程的各种原始凭证、记帐凭证、汇总表、分配表、工作底稿等作为基本会计资料的书面形式的资料减少了，有些甚至消失了。由于电子商务、网上交易、无纸化交易等的推行，每一项交易发生时，有关该项交易的有关信息由业务人员直接输入计算机，并由计算机自动记录，原先使用的每项交易必备的各种凭证、单据被部分地取消了，原来在核算过程中进行的各种必要的核对、审核等工作有相当一部分变为由计算机自动完成了。
原来书面形式的各类会计凭证转变为以文件、记录形式储存在磁性介质上，因此，电算化会计系统的内部控制与手工会计系统的内部控制制度有着很大的不同，控制的重点由对人的控制为主转变为对人、机控制为主的，控制的程序也应当与计算机处理程序相一致。
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